Johannes Kert alustas sõjaväelist karjääri 1983. aastal Nõukogude armees rühmaülemana, jätkates tööd 1985. aastani rooduülema kohusetäitjana. Kuuludes Kaitseliidu taasloojate hulka astus Kert 1990. aastal Kaitseliidu liikmeks ning 1991. aastal sai temast Tartu maleva pealik.
„Eile lahkus meie hulgast kaitseliitlane Johannes Kert. Me võime teda nimetada paljude kõlavate nimetustega ja esile tuua tema paljusid teeneid Eesti riigi ees, kuid ennekõike oli ta kaitseliitlane. Seda oma hingelt ja olekult ning kõigil neil kõrgetel ametikohtadel, kuhu teda määrati või valiti. Saime Johannesega tuttavaks üsna kohe pärast Kaitseliidu taastamist Tartu linnas ja maakonnas 1990. aastal,” ütles Kaitseliidu ülem brigaadikindral Riho Ühtegi. „Tahes tahtmata nõuab suur andmine lõivu, jättes oma jälje tervisele. Jää hüvasti, sõjamees, unistaja, sõber.”
Aastatel 1991-1992 teenis Kert Kaitseliidu operatiivgrupi ülema ning aastal 1992 juhtis ta Kuperjanovi Üksik-jalaväepataljoni. Aastatel 1993–1996 oli ta Kaitseliidu ülem, andes sisulise panuse organisatsiooni ülesehitamisse ja arendamisse. Alates 1996 aastast juhtis Johannes Kert kaitseväge, esialgu kaitseväe juhataja kohusetäitjana ja kuni aastani 2000 kaitseväe juhatajana. Tema edasine teenistuskäik jätkus kaitseväe juhataja nõuniku kohuseid täites.
Aastatel 2000 – 2002 teenis Johannes Kert maaväe ülema kohusetäitja ja maaväe ülemana, Kert asus seejärel täitma Eesti sõjaline esindajana kohustusi NATO ja Euroopa Liidu juures kust ta lahkus tegevteenistusest 31. jaanuaril 2008.
Vabariigi President omistas Johannes Kerdile kindralleitnandi auastme aastal 1998.
Alates 1. veebruarist 2008 oli Kert kaitseministeeriumi nõunik. Ta nõustas ministeeriumi põhiliselt küberkaitse, kaitsejõudude mehitamise, Kaitseliidu arengu, kaitseministeeriumi haldusala personalipoliitika ja komplekteerimise asjus. Lisaks valmistas ta ette NATO kollektiivse küberkaitse kompetentsikeskuse tööd, olles ise ka selle idee algataja ning vedaja, esindades keskust rahvusvahelises juhtkomitees ja NATO komisjonides. Samuti analüüsis Kert Kaitseväe Ühendatud Õppeasutuste komplekteerimise ja ajateenistusega seotud probleeme. Kindral Kert osales Kaitseliidu strateegilise arendamises protsessis ning Kaitseliidule küberkaitse võimekuse loomises ja samuti kaitsealase arendus- ja teadustegevuse koordineerimises.
Johannes Kerti on tunnustatud mitmete Eest kui välismaiste teenetemärkidega, nagu Kotkaristi II klassi teenetemärk, Kaitseliidu Valgeristi I klassi teenetemärk, kaitseministeeriumi teeneteristi I klass, Kaitseväe teenetemärk, kaitseväe teeneterist kaitsealaste teenete eest, kaitseväe teeneterist riigikaitseliste teenete eest, Kaitseliidu teenetemedali eriklass, päästeameti kuldrist, Eesti reservohvitseride kogu kuldrist, Soome Lõvi rüütelkonna suurrist, Läti Vabariigi kaitseministeeriumi teenetemärk, Ülemaailmse sõjaväespordiliidu Suure Rüütli medal ja palju muud.
Kaitsevägi ja Kaitseliit avaldavad lahkunu lähedastele kaastunnet ning mälestavad teenekat ohvitseri langetades riigilipud poolde vardasse ning avades mälestusteraamatu.
